La historia de la seguridad social en la Republica Dominicana inicia cuando en el año 1947 se celebró en San José costa rica una reunión de los países latinoamericanos en la que se acordó la implementación de la seguridad social en toda Latinoamérica. A esa importante reunión asistió como delegado del país el Dr. Sócrates Barinas Coiscou, quien posteriormente fue designado como primer Director de la caja Dominicana del seguro correspondiéndole así ese alto honor a un San cristobalense.

El primer hospital del seguro social que hubo en la ciudad de San Cristóbal estuvo ubicado entre las calles Santome y General Cabral, el Dr. Rafael alba bello fue su director, para ese entonces dicho hospital contaba con 61 camas.

Los acontecimientos acerca de la historia del Hospital Dr. Rafael J. Mañón, se remontan a la época Leónidas Trujillo Molina, quien en el año 1959 inicio dicha construcción ubicada en la calle Gaspar Hernández No.1 en el sector Pueblo nuevo en la Provincia de San Cristóbal, hoy conocido por sus munícipes como hospital Dr. Rafael J. mañón.

La edificación hospitalaria actual data de 59 años de construcción, brindando servicios de salud al pueblo san cristobalense y demás regiones. El hospital Dr. Rafael J. Mañón cuenta con un área de terreno de 7,386.5 mts2 de la cual 2,009.25 mts2 ocupan el área de construcción. La estructura física está conformada de tres niveles en los cuales están distribuidos los servicios que ofrece. Desde entonces dicho hospital perteneció a la red de Seguros Sociales (IDSS) hoy en día forma parte de la red del servicio nacional de salud debido al decreto no. 9-17 emitido por el presidente Danilo Medina el 16 de julio del 2015 el cual contempla la integración de los Servicios Regionales de Salud (SRS) a la Red Pública Única de Servicios de Salud, con el fin de fortalecer el sector.

La dirección del Hospital  la ocupo por primera vez el Dr. Rafael Alba Bello de 1960-1963, Posteriormente presidieron por tres años consecutivos el Dr. Amauris Maluf Nasser 1963-1966, y el Dr. Hugo Ventura 1966-1970, otros distinguidos fueron el Dr. Arístides Sánchez Cabral 1970-1971, Dr. Guarionex Emmanuel Martínez Anderson 1971- 1972, Dr. Celina De Lermo 1972-1976, Dr. Rafael Despradel 1976-1978, Dr. Ángel Manuel Carrasgo 1978-1981, Dr. Andrea Dipre 1982-1985, Dr. Cecilia Rivas 1985-1987, Dr. Adela Matos 1987-1988, Dr. Tomas Virgilio Mateo 1988-1992, Dr. Emma Josefina Bodden Vásquez 1992-1996, Pedro Mortimer Montas Domínguez 1996-2000, Ricardo Rafael Salazar Rodríguez 2000-2004, Santa Argentina Vidal Arias 2000-2014, alba luz fructuoso 2014-2015, Dr. Ivanhoe Balbuena Corporal 2016-2018, Dr. Inocencio Cespedes Cordero 2018-2021, Dr. Roberto Alexander Rodriguez (actualidad)..

El 30 de octubre del año 2018 es designado como director el Dr. Inocencio Céspedes Cordero a quien le ha correspondido hacer las gestiones de transformación de un hospital de (IDSS) a un hospital de la red pública del sistema de salud.

Destacados Profesionales de la provincia han formado parte de la Historia de este Hospitalario el Doctor julio Cesar García Francisco (celito) cirujano   y quien fue director del Hospital Juan Pablo Pina y del Hospital Cabral y Báez de Santiago, organizo el servicio de cirugía que cobro impulso con la designación de la Doctora Carina Issa, quien tuvo la gloria de ser la primera Dominicana en embestirse como cirujana con escuela, lo cual lo logro en Toronto Canadá. El laboratorio del Hospital Rafael J. Mañón estuvo dirigido por el Doctor José Tejeda (Lencho). El servicio de anestesiología estuvo dirigido desde sus inicios por el Doctor Ángel Díaz De león, quien desempeño estas funciones por un periodo de 30 años. La Doctora Libe Medina creo el departamento de Endocrinología a principios del año 1979  El servicio de ginecología y obstetricia fue organizado en enero de 1979 por el Dr. Domingo Peña Nina especialista en ginecoobstetra quien realizo investigaciones clínicas que fueron publicadas en revistas nacionales, fundamentalmente en la revista médica del seguro social y acta médica dominicana. Entre dichas investigaciones destacan las pruebas de madures fetal y la transposición ovárica como método quirúrgico de esterilización, siendo este hospital el único en el país en que para entonces se realizaban dichos procedimientos. A partir de 1980 debido a la importancia lograda por este Hospital se implementó la  rotación por  estudiantes de medicina de la Universidad Autónoma De Santo Domingo (UASD) durante su internado y pasantía, así como de los pasantes de post grado de varias especialidades, egresados del seguro social básicamente ginecoobstetricia, anestesiología y cirugía. Dentro del área quirúrgica destacaron por su dedicación y competencia las enfermeras Magdalena Hernández quien laboro por 30. Algunos subdirectores han destacado en sus funciones Andrea Dipre, Cecilia Rivas, José enrique Encarnación Nina 1996-2000, Dr. Julio Arias entre otros

En la actualidad en el hospital luego de su paso al SNS se ha realizado cambios significativos en la estructura administrativa, financiera y de recursos humanos.